On mitmeid erinevaid plekke, mida saab DNA visualiseerimiseks ja fotode visualiseerimiseks pärast seda, kui materjal on eraldatud geelelektroforeesiga. Paljude valikute hulgas on need viie tüve kõige tavalisemad etiidiumbromiidi alguses, mis on kõige levinum. Selle protsessiga töötamisel on oluline mitte ainult teada tüvede erinevusi, vaid ka nendega kaasnevaid terviseriske.
01 etüüdiumi bromiid
Etiidiumbromiid on tõenäoliselt kõige tuntum värv, mida kasutatakse DNA visualiseerimiseks. Seda värvainet saab kasutada geelisegus, elektroforeesi puhvris või geeli puhastamiseks pärast selle käivitamist. Värvi molekulid kinni DNA aheladesse ja fluorestseerivad UV-valguses, näidates täpselt, kus need ribad on geelis. Vaatamata oma eelisele on negatiivne külg selline, et etiidiumbromiid on potentsiaalne kantserogeen, nii et seda tuleb käsitleda väga hoolikalt. Selle geeliga töötamise võimalike terviseriskide tõttu on leitud alternatiive. 02 SYBR Gold
SYBR Goldi värvi saab kasutada kahe- või üheahelalise DNA pealekandmiseks või RNA plekistamiseks. SYBR Gold oli üks esimesi alternatiive etiidiumbromiidi turule laskmisele ja seda peetakse tundlikumaks kui etiidiumbromiid. Värvus näitab 1000-kordset UV-fluorestsentsi, kui see on seotud nukleiinhapetega. Seejärel tungib see paksude ja kõrge protsentuaalsete agaroosgeelide sisse ja seda saab kasutada formaldehüüdi geelides. Kuna seondumata molekuli fluorestsents on nii väike, ei ole värvaine vajalik. Litsentsiomanikel Molecular Probes on (alates SYBR Goldi käivitamisest) välja töötanud ja turustanud SYBR Safe ja SYBR Green, mis on etiidiumbromiidi ohutumad alternatiivid.
03 SYBR Green
SYBR Green I ja II plekid (mida turustavad ka Molecular Probes) optimeeritakse erinevatel eesmärkidel. Kuna need seonduvad DNA-ga, peetakse neid ikkagi potentsiaalseteks mutageenideks ja seetõttu tuleb neid hoolikalt käsitseda. SYBR Green I on kaheahelalise DNA-ga kasutamiseks tundlikum, kuid teisest küljest on SYBR Green II kõige parem kasutada üheahelalise DNA või RNA-ga. Nagu populaarne Ethidium Bromide plekk, need väga tundlikud plekid fluorestseerivad UV-valguses. 04 SYBR ohutu
SYBR Safe on kavandatud olema ohutum alternatiiv etiidiumbromiidile ja muudele SYBR-i plekidesse. Seda ei loeta ohtlikeks jäätmeteks ja neid saab üldjuhul kõrvaldada korrapäraste kanalisatsioonisüsteemide kaudu (st äravoolu all), kuna toksilisuse katsetamine näitab, et puudub äge toksilisus. Testimine näitab ka Süüria hamstri embrüo (SHE) rakkude, inimese lümfotsüütide, hiire lümfoomirakkude ja AMES-i testide genotoksilisust vähe või üldse mitte. Seda pleki saab kasutada sinise valgusega transilluminaatoriga, mis põhjustab DNA-le vähem nähtavat kahjustust ja pakub paremat efektiivsust hiljem kloonimiseks. 05 Eva Green
Eva Green on roheline fluorestseeruv värvaine, mis on leitud, et inhibeerib PCR -i vähemal määral kui muud värvained. See muudab selle väga kasulikuks sellistes rakendustes nagu kvantitatiivne reaalajaline PCR. Samuti on see hea valik, kui kasutate DNA taastamiseks madala sulamistemperatuuri geeli. See on väga stabiilne kõrgetel temperatuuridel ja omab väga väikest fluorestsentsi, kuid DNA-ga seondumise korral on see väga fluorestseeruv. Samuti on näidatud, et Eva Green'il on tsütotoksilisus või mutageensus väga väike või puudub.